Hier horen ongedierte-wortels niet thuis. Op de compost konden ze zich vermenigvuldigen en andere planten infecteren. Risico op infectie in de flora: ziekten of plagen van planten kunnen zich verspreiden en milde winters overleven. Daarom moeten ze ook uit de buurt van compost worden gehouden.
Wortels, stengels of uien die ziek zijn of ongedierte hebben, mogen niet op de compost worden toegestaan. Omdat ze daar kunnen overleven als de stapel plantaardig afval niet voldoende heet is, zodat de temperatuur onder de 60 tot 70 graden blijft. De gewasbeschermingsdienst van de Kamer van Landbouw van Noord-Rijnland-Westfalen wijst hierop. In het ergste geval verspreiden de ziekten of plagen zich vervolgens door de compost in de tuin. De hobbytuinman moet echter rustig de aangetaste bladeren of vruchten op de compost gooien. Hij moet de delen echter onmiddellijk bedekken met aarde of ander dicht materiaal zoals gemaaid gras. Dan kunnen sporen zich niet verder verspreiden.
Als plantonderdelen die overwinteren worden aangetast door planten die zich nog in het bed bevinden, overleeft de ziekte ook vaak de winter. Daarom moeten hobbyduinders zieke scheuten en gebladerte verwijderen in de winter. Het gereedschap, de handschoenen en de schoenen moeten na dergelijk werk worden gereinigd, omdat ziekten die ermee gepaard gaan, overdraagbaar zijn.
